Congés payés pris en avance et rupture conventionnelle

Bonjour, travaillant actuellement dans l'automobile depuis 4 ans je souhaite quitter mon emploi de mécanicien en cdi. Pour cela j'ai fait une demande écrite de rupture conventionnelle a mon employeur qui était pret a l'accepter sauf que : mes congés allant de mai en mai, et une partie de ceux-ci ayant deja été prise en avance (cumulé sur la fiche de paye mais pas cumuler sur l'année, je ne suis pas en négatif, j'ai même encore des jours a prendre), la comptable a dis à mon employeur qu'il devra me repayer mes congés payés deja pris avant le mois de mai. Ca voudrais dire me les payer 2 fois, mon patron et moi même avons du mal a croire cela. Pouvez vous me renseigner a ce sujet , merci