Apprentissage - changement de pourcentage

Bonjour,

actuellement en 3 eme année de bac professionnelle par alternance le pourcentage par rapport au smic que je perçoit est passé à 65 % (contre 49 l'an passé ) le 6 septembre , je reçoit ma fiche de paie et mon salaire est inchangé .
Je vais voir la RH qui me dit que ,vu que mon pourcentage changeait en cour de mois ,mon salaire ne changerai qu'a partir du moi prochain, en gros sur le mois de septembre j'ai travaillé 3 jours a 49% et tout le reste a 65% mais je ne suis payé qu'a 49 % pour tout le mois.
Est ce que cela est il bien légal ?