Congés pendant mi temps ther.

Bonjour,
ma medecine du travail m'a dit que si je reprend en mi temps therapeutique suite a un arret maladie de 6 mois , si je prend mes congés annuels a la reprise de mon mi temps ther. je ne pourrais pas revenir au travail , apres les congés,avec le mi temps mais je risque de le perdre suite aux congés. en avez vous entendu parler ??? et pouvez vous m'expliquer. mon employeur me dit que si je reprend rapidement je pourrais changer de service et avoir mon mi temps et que si je suis prolonger il ne peut pas me promettre car ça serait pour rzmplacer une collegue en mi temps comme moi . qu'en pensez vous ?? est ce vrai queles conges pendant la reprise peuvent annuler lemi temps therapeutique ???? merci d'avance