Indemnités arrêt maladie régime alsacien

Bonjour,

Je vais tenter de vous exposer mon cas de la façon la plus claire possible:

Je travaille et réside en Alsace pour une entreprise basée à Paris (information qui a son importance)
CDD de 7 mois, j'en suis à 6 mois et demi de contrat.
Salaire Brut: 2000 euros, net 1500 euros, 1430 en enlevant les TR. (Si c'est pas de la précision ça... ;-). Statut cadre, consultant en ressources humaines.

Le mercredi 3/03, ayant fait un malaise sur mon lieu de travail, pour surmenage, j'ai été mis en arrêt pour ce jour (le 03/03) et pour le jeudi 04/03. Le médecin n'a pas mis le vendredi 05/03 car j'ai eu la bonne idée de lui dire que ce jour là j'étais en RTT de toute façon. (Raaah l'honnêteté...)

Le lundi 08/03, n'allant pas mieux, je suis allé voir mon médecin qui m'a prolongé mon AT jusqu'au vendredi 12/03. Là où cela se complique, c'est qu'il a daté la fiche d'arrêt du 08/03, en notant dessus "sorties autorisées à compter du 05/03", en m'expliquant que comme ça, je récupèrerai mon vendredi RTT....

Mon entreprise m'a expliqué que pour eux, cela valait pour deux AT différents dans la mesure où le second n'était pas daté du 05/03, mais du 08/03, et que donc je pouvais mettre une croix sur mon RTT, ce qui dans l'absolu ne me perturbe pas outre mesure. (L'entreprise m'a quand même dit que ce serait sympa d'aller revoir mon médecin et refaire tout ça, pour éviter de payer 2 fois trois jours de carence....)

J'ai eu un salaire de 1226 €.
J'ai eu un versement de le CPAM de 61 €.

Questions:

1) Mon employeur devait-t-il me payer les deux délais de carence (2 fois trois jours donc), ou...

2)...c'est la CPAM qui est censée payer les 5 jours du "deuxième arrêt" ?

3) D'après les éléments communiqués, ma rémunération et les indemnités de la CPAM vous semblent-t-elles cohérentes? (J'ai touché le même salaire de 2000 euros brut sur les trois mois précédents).

Je sais que peut être mon exposé semble confus, mais je vous remercie d'avance de bien vouloir éclairer ma lanterne.

:-)