Heure sup et alternance: quel calcul?

bonjour à tous!

j'espere que vous pourrez m'aider pour trouver une solution à mon problème, je vous explique:
Voila, je suis en contrat pro depuis septembre 2009 et je fais un rythme d'une semaine à l'école puis une semaine en entreprise.

j'ai signé un contrat sur une base de 35h, j'effectue 39h lorsque je suis en entreprise et généralement entre 35 et 40h à l'école.

Le problème c'est que mon patron me demande le remboursement d'une partie de mes heures supplémentaire sur les 6 derniers mois!

en effet, il me paye 17h supplémentaire par mois sachant que j'effectue 8h sup au travail, mais aussi environ 40h à la formation.
Il a donc décider de ne plus prendre en compte les heures passer à la formation.

Est-ce normal?ou doit il prendre en compte les heures de formation?
et aussi peut il me demander le remboursement de ses heures supplémentaires?


merci à tous pour votre aide qui va me permettre de mettre de l'ordre dans toutes ces bêtises qui m'angoissent !!!