Auto entrepreneur + salarié

Bonjour,

Je souhaite ouvrir mon statut d'auto entrepreneur pour promenades/visites d'animaux. 

A coté de ça, je suis salariée en 35 heures dans une société 

Voici ma question : 

Si pour raison médicale je venais à être en arrêt pendant 1 ou 2 semaines, est ce que je serais indemnisée par la sécurité sociale de mon temps d'absence dans l'entreprise où je suis salariée ( comme tout salarié lambda) ?  

Anciennement ( il y a 8/9 ans ) j'avais ouvert mon statut d'auto entrepreneur mais le RSI avait pris le dessus sur mon statut de salariée et du faite je n'avais pas été indemnisée d'une absence auprès de mon employeur. 

Je ne sais pas si je suis bien clair... en gros, je ne voudrais pas perdre mes droits auprès de la sécurité sociale dans mon poste de salariée 35h pour des petits boulots a mon compte qui sont la pour arrondir les fins de mois 

Merci pour la réponse que vous pourrez m'apporter. 

Cordialement. 

Elodie