Est-ce que mon patron a le droit de déduire toute mes arrêts

Bonjour tout le monde, 

J'espère que vous allez bien. J'aurais une question à vous poser s'il vous plaît, car personne n'est réellement capable de m'expliquer au CFA. J'ai 20 ans, et je suis en BTS en 1re année en NDRC. Malheureusement, cela ne me plaît pas j'ai donc décidé de refaire une année en droit. J'ai donc dû faire une rupture à l'amiable qui se termine fin août. Il y a 5 jours, j'ai reçu ma fiche de paye et j'ai constaté que mon patron m'avait déduit tous mes arrêts (6 jours). Est-ce que mon patron a le droit de déduire tous mes arrêts maladies à la fin de mon contrat en alternance ?Non pas que cela me dérange, car je trouve ça normal de déduire, mais c'est juste que je trouve qu'il aurait pu le faire depuis le début, car étant alternant cela est compliqué pour moi de payer mon loyer ou autres pour ce mois-ci. 

J'espère que vous pourriez m'aider dans ma situation. Je vous remercie par avance.

Merci beaucoup 

Bonne journée.