Mairie toute puissante ?

Bonjour,

J'ai acheté un petit immeuble dans le centre ancien de Besançon en 2015. Il comporte 7 appartements. J'en ai rénové 6, mais j'ai une cascade de problèmes avec le dernier, situé en combles.
Il n'était pas équipé de compteur électrique, et lorsque j'ai fait la demande de pose, la mairie m'a dans un premier temps demandé de faire rétrospectivement une demande de déclaration préalable de travaux, ce que j'ai fait.
La dite demande fut rejetée aux motifs suivants :
-1- dossier incomplet (pas grave ça...)
-2- immeuble indicé "M" au PSMV de Besançon : grosso modo, les Bâtiments de France veulent m'imposer des modifications de toiture impossibles à réaliser
-3- article USS-12 du PSMV : obligation de créer une aire de stationnement

Motif 2 : les tout puissants Bâtiments de France exigent que je procède à la "restitution du grand comble à lucarne". Grosso-modo, il faudrait refaire complètement le toit pour restituer la pente supposée originale, en y insérant des lucarnes. En faisant cela, on priverait de soleil deux appartements de la partie arrière de l'immeuble donnant sur ce toit ! Sans compter qu'on détruirait complètement mon appartement... Existe-t-il des recours ?

Motif 3 : tout l'espace des combles dans lequel est situé cet appartement est estampillé "AP" dans la matrice cadastrale, ce qui le désigne comme APpartement. La mairie conteste ce point, émettant l'hypothèse que c'était une chambre de bonne rattachée à un autre lot de l'immeuble, sans toutefois être en mesure de désigner celui-ci ! Et pour en faire un appartement, il faut passer par la case "place de stationnement". N'y a-t-il pas abus de la mairie ?

Je vous remercie pour vos avis !