Suite a un mal de dos

Bonjour à tous,

Voilà le souci actuel :
J’ai décroché un CDI en mai dans une entreprise ( dont je tairais le nom pour l’instant ) en tant que technicien informatique.
Je n’ai jamais eu de soucis avec mon dos jusqu’à ce que cela arrive après 1 semaine d’embauche.
J’ai travaillé et justifier derrière avec des arrêts maladies. J’ai eu des arrêts maladies le premier mois et ensuite mon médecin voulant me donner des arrêts maladies de 2-3 jours ( sachant que j’étais bloquer du dos, j’avais du mal à comprendre pourquoi… du coup sachant que je dois payer le doc, j’ai fini par ne plus l’appeler ( et donc sans certificat médical – petite aparté : j’ai vu kiné et ostéo, fait une radio, rdv chez le rhumato mi-aout )…
Aujourd’hui, mon ancien employeur me demande de, je cite « Notre prestataire de paie pratiquant le décalage de paie, votre solde est négatif (cause arrêts maladie et absences non autorisées) par conséquent nous vous remercions de nous adresser au plus vite par chèque libellé au nom de ****** la somme de 1 463,85 euros. »

Or je n’ai reçu qu’un salaire, le premier, qui a été justifié par les arrêts.
Fiche de paie reçus : 1ere de 1406,74 ; 2eme -54.14.

Ma question est celle-ci : Mon employeur a-t-il droit de me demander cette somme et surtout, pourquoi ?

De plus, ils mettent : « Dès réception de votre règlement, nous vous adresserons vos documents de sortie et l'attestation Pôle Emploi.” ont-ils le droit de prendre ces documents en « otage » ? ( sachant que je ne pourrais pas payer cette somme dans tous les cas... )

Question bonus : je sais que cette entreprise utilise des logiciels "piraté" ( ils n'ont pas acheter les licences ) puis-je faire pression avec cela ?