Subrogation et impots

Bonjour,
Je n'ai pas perçu les IJ puisqu'il y a subrogation, mais l'employeur n'a pas déduit les IJ sur mon bulletin de salaire. Je ne vais pas déclarer une somme non perçue !
L'employeur peut-il régulariser ? Qu'en est il du côté du centre des impôts ?
Merci pour votre réponse
Cordialement