Indemnité de rupture conventionnelle

Bonjour,

Je vais signer une rupture conventionnelle après mon congé parental. Mon congé maternité a commencé fin Décembre 2012, puis j'ai enchainé avec un congé parental de 3 ans. J'ai eu de nombreux soucis avec mon employeur car celui-ci a refusé de me donner la prime de fin d'année en Décembre 2012 et également le solde de mes congés pour seul motif que j’étais enceinte. Je suis en CDI depuis Janvier 2000. En Mai 2013 j'ai réussi à obtenir le paiement de mes congés (après plusieurs menaces de ma part). Ce qui me chagrine c'est que je suis allée aux prud'hommes en 2014 pour me régler la prime non donnée, j'ai eu gain de cause. Cette prime n'apparaît pas sur le bulletin de salaire. L'indemnité de rupture est calculé sur les 12 derniers mois de salaires ou bien 3 mois si plus avantageux pour le salarié. Ma question : sur quelle base de salaire est calculée l'indemnité de rupture étant que ma prime payée par une transaction n'apparaît pas sur le bulletin de salaire et sur quelle mois de salaire ?
Merci pour vos réponses