Mise en invalidité par la CPAM, comment se passe le licenciement

Bonjour,
je suis actuellement en arrêt maladie (dépression, burn out) depuis le 29 janvier 2013. Le médecin conseil de la sécurité sociale m'a annoncé qu'à compter du 1er septembre, je serai en invalidité 2ème catégorie.
je l'ai annoncé à mon employeur. mon psychiatre m'a dit que mon employeur serait dans l'obligation de me licencier.
Comment marche le licenciement dans ce cas ? Je n'ai aucune nouvelle de mon employeur depuis que je lui ai fait part du changement.
L'année dernière, le médecin du travail m'avait déjà fait un papier comme quoi, il me mettrai en inaptitude sur le poste et le site. Je l'avais donc annoncé à mon employeur, mais ce dernier n'a rien fait depuis.
Il me reste 44 jours de congés à prendre. Dois-je les poser ou non avant le licenciement? Rentrent ils en compte dans les indemnités de licenciement sachant que pour mon employeur, je suis salariée depuis octobre 1984 mais que je n'ai jamais signé de contrat. J'ai eu un contrat en juillet 1981, j'ai été licenciée économique en octobre 1983, mon employeur m'a rappelé pour un remplacement en janvier 1984 mais vu que la personne remplacée n'a jamais repris son poste, je suis restée au sein de l'entreprise.
Merci de m'aider à y voir plus clair.