Comment prouver qu'un loyer a bien été payé ?

Bonjour,

Je vous explique mon problème:

Mes parents sont propriétaires d'une villa. Ils louent cette villa à une personne qui se trouve être chef d'entreprise et qui loue son logement sous le nom de cette entreprise.
N'étant pas régulier sur le paiement des loyers, et étant de nature relativement louche, mon père a souhaité vérifier le paiement de tous ses loyers. Ils sont en désaccord sur un mois de loyer remontant à environ deux ans. Le locataire affirme avoir payé le loyer mais mon père ne retrouve pas la trace du paiement.
Le locataire a confié à mon père, comme preuve de paiement, un extrait de son grand livre des tiers. Il y figure effectivement une ligne consacrée au paiement du loyer, avec un numéro de chèque.

Ma question est la suivante : ce grand livre des tiers constitue-t-il une preuve formelle du paiement, ou a-t-il pu être falsifié par le locataire ? Peut-on, en connaissant le numéro du chèque, retrouver au près de sa banque si ce chèque a bien été encaissé (sachant que l'opération remonte à deux ans) ?

De plus, le locataire étant une entreprise, il exige que mon père lui fasse une facture pour chaque loyer, au lieu des quittances habituelles. Mon père, étant un particulier, a-t-il le droit de facturer un loyer ?

En vous remerciant d'avance