Impôts, étudiant, CDI

Bonjour,

Je suis étudiant, doctorant en thèse CIFRE depuis 2016 (mon inscription universitaire en thèse est depuis fin 2015), et ma déclaration de revenus de l'année 2016 pose un problème d'interprétation des textes. J'ai 25 ans au 1er janvier 2016, donc c'est la dernière année où je peux bénéficier de l'abattement. Mais, je suis salarié en CDI de l'entreprise qui finance la thèse, et à ce titre, l'administration refuse l'abattement de 3 mois de SMIC permis aux étudiants. On me cite notamment cet article :
" Par ailleurs, il est admis, à moins qu'il ne s'agisse du début d'une véritable activité professionnelle (cas d'une embauche sous contrat à durée indéterminée [CDI]), que l'exonération s'applique aux rémunérations perçues au titre d'une activité exercée pendant l'année scolaire ou universitaire ou durant les congés scolaires ou universitaires de l'année même de l'achèvement des études." Pour me dire qu'étant en CDI, et au début d'une véritable activité professionnelle, je ne peux pas bénéficier de l'abattement.
Or, de mon point de vue, cet article est applicable uniquement à l'année de fin d'étude, et mes études se sont poursuivies sur les années 2017 et 2018.
Qu'en est-il de l'interprétation de cet article?
J'ai déjà contesté un avis de rectification de mes impôts sur le revenu avec cette argumentaire, mais ça a été rejeté. Quels sont les autres recours si la contestation est valable?
Merci d'avance