Les clauses de ce réglement intérieur sont-elles légales?

Bonjour,

Je travaille depuis peu dans la fonction publique territoriale comme contractuelle.
Jusqu'à présent j’exerçais dans le privé est ce monde est nouveau pour moi.
Je souhaiterais quelques éclairages quant à des procédures internes stipulées dans le règlement intérieur qui me semblent surprenantes :

1) « La formation est comptabilisée pour une journée de travail de 7 heures, déplacement compris »
Toutefois, le code du travail indique:
- article L6321-2 : « Toute action de formation suivie par un salarié pour assurer son adaptation au poste de travail ou liée à l'évolution ou au maintien dans l'emploi dans l'entreprise constitue un temps de travail effectif et donne lieu pendant sa réalisation au maintien par l'entreprise de la rémunération. »
- article L. 3121-4 : « Le temps de déplacement professionnel pour se rendre sur le lieu d'exécution du contrat de travail n'est pas un temps de travail effectif. Toutefois, s'il dépasse le temps normal de trajet entre le domicile et le lieu habituel de travail, il fait l'objet d'une contrepartie soit sous forme de repos, soit financière. Cette contrepartie est déterminée par convention ou accord collectif de travail ou, à défaut, par décision unilatérale de l'employeur prise après consultation du comité d'entreprise ou des délégués du personnel, s'il en existe. La part de ce temps de déplacement professionnel coïncidant avec l'horaire de travail n'entraîne aucune perte de salaire. »
--> Si une journée de formation fait plus de 7h, le temps de déplacement depuis le lieu de rattachement de l'agent doit-il être compté comme du temps de travail supplémentaire récupérable?

3) « Aucune autorisation spéciale d’absence n’es accordée au salarié pour événement familiaux (exemple : mariage, naissance, maladie grave, décès…) et garde d’enfant malade. Le salarié bénéficiera sur sa demande et sans délai de prévenance d’un congé annuel ou d’une récupération le cas échéant (exemple : décès, enfant malade, maladie grave…), et il produira un justificatif de l’évènement.»
Toutefois, sur le site http://www.fonction-publique.gouv.fr/autorisations-dabsence il est indiqué :
« Événements familiaux, Sous réserve des nécessités du service, peuvent être accordés: Mariage du fonctionnaire : 5 jours ouvrables/ Naissance ou adoption : 3 jours ouvrables/ Maladie très grave ou décès du conjoint, père, mère ou enfants : 3 jours ouvrables/ Garde d’enfant malade : 12 jours ouvrés par an, à partager entre conjoints. / Dans le cas d'un mariage ou d'un décès, il appartient aux chefs de service d'examiner si, compte tenu des déplacements à effectuer, la durée de l'absence peut être majorée de délais de route (maximum : 48 heures, aller et retour).»
--> Le conditionnel utilisé dans "peuvent être accordé" est-il conditionné au seul critère de "nécessité de service" ou bien à la possibilité plus globale de la hiérarchie d'octroyer ces jours d'absences aux agents quelle qu’en soit la raison et donc à sa possibilité aussi de les refuser systématiquement et de manière arbitraire comme ici?

4) "Les pauses sont gérées librement par le salarié en concertation avec ses collègues et sa hiérarchie directe en fonction des nécessités de service; elles ont lieu dans l'enceinte de l'établissement et ne sont pas comptabilisés dans le temps de travail effectif". Lors de la pause méridienne et à chaque pause: café, cigarette, autre... nous devons donc passer à la pointeuse pour décompter ce temps de pause de notre temps de travail effectif.
Toutefois, l'article L3121-1 du code du travail indique "La durée du travail effectif est le temps pendant lequel le salarié est à la disposition de l'employeur et se conforme à ses directives sans pouvoir vaquer librement à des occupations personnelles".
--> Le fait même d'être contraint de rester dans l'enceinte de l'établissement et donc à la disposition de l'employeur fait-il de ces pause du temps de travail effectif?

De manière générale, étant donné :
- que ce règlement intérieur a été approuvé par délibération du conseil d'administration après avis du comité technique.
- qu’un règlement intérieur ne peut contenir de clauses contraires aux lois et règlements en vigueur
- que les statuts et droits de la fonction publique peuvent être différents de ceux du privé
ces articles présentés dans le règlement intérieur sont-ils légaux et applicables aux agents ?

J'attends avec impatience vos retours et les explications liées :)
Merci!