Régularisation des bulletins de salaire

bonjour,
voici la situation:
je travaille depuis plus de deux ans maintenant pour mon actuel patron, soit depuis l'ouverture de son premier magasin de poêles et cheminées en mai 2012. D'entrée, il m' a proposé un salaire de 2000€ pour un poste de responsable technique. Dans un premier temps, il a refusé de me déclarer, m' expliquant qu'il démarrait tout juste son activité, et que ses charges seraient trop importantes. J'ai accepté car je venais de passer 2 ans au chômage. Par ailleurs, ma compagne ne travaille pas et nous avons 2 enfants en bas âge... De plus, il me promettait de régulariser la situation au plus vite. Il a pourtant fallu que j'insiste lourdement, et après plusieurs demandes de ma part, (soit en septembre 2012), il s'est décidé à me déclarer. Sauf que, bien qu'il me signe tous les mois un chèque de 2000€, ce montant ne correspond pas à celui de mes fiches de paie (montant inférieur de plusieurs centaines d'euros). Je tiens à préciser que je me suis vraiment investi pour cette entreprise; j'ai fait beaucoup d'heures et terminé parfois même très tard mes journées (plus de 10 heures par jour) sans que ces heures supplémentaires me soient payées. Je ne lui est pas réclamé non plus. Mon but étant de contribuer au bon développement de cette société en laquelle je croyais. La seule chose que je voulais c'est qu'il régularise ma situation et que le montant affiché sur mon bulletin de salaire corresponde enfin à ma paye.
Il y a quelques semaines, je me suis vraiment fâché avec lui à ce propos, lui demandant de faire le nécessaire une fois pour toutes. Depuis, il se montre très critique sur tout ce que je fais, et m'a même rétrogradé au poste de simple poseur. Au quotidien, il fait tout pour me dégouter (ex: ne pas m'accorder les semaines de vacances que je souhaitais, me faire nettoyer les wc, etc). Je m'exécute, mais de ce fait, j'ai décidé de ne plus lui offrir mon temps, et de m'en tenir à mes 39 heures de travail hebdomadaires. Le problème est que je viens de recevoir mon bulletin de salaire et que ma paye n'est plus de 2000€; il m'a dit qu'il a fait la régularisation à laquelle je tenais tant, et que du coup ma paye correspondait à 39h; le manque jusqu'à 2000€ correspondant à 43 heures (bien qu'avant j'en faisais bien plus que cela). J'aimerais savoir quel recours puis-je avoir? Je souhaiterais qu'il régularise tous mes bulletins de salaires depuis le début afin de pouvoir bénéficier de mes droits. Quelle démarche dois-je entamer pour cela?
J'ai une autre question également:
je dispose d'un véhicule de la société pour me rendre sur les chantiers, qui se trouvent parfois à plus de 2h du magasin et mon patron me dit à présent que mon temps sur le trajet de retour ne compte pas, et refuse de le considérer comme des heures de travail ou des heures supp. Est-ce vrai? Puis-je également lui réclamer un dédommagement pour les repas? Notre convention collective est celle de la quincaillerie et des commerces d'Aquitaine mais je n'arrive pas à y trouver les réponses à mes questions.
AUSSI, JE VOUS REMERCIE D'AVANCE SI VOUS AVEZ DES REPONSES A M'APPORTER
Cordialement