Arrêt maladie grossesse et salaire

Bonjour,
Je suis actuellement en arrêt maladie pour depuis le 20 mars dernier pour poste inadapté à une grossesse (exposition à des produits chimiques classés en reprotoxique 1A et 2 et pas de reclassement possible par l'employeur) jusqu'à mon congé maternité qui débuterait mi octobre. Mon employeur pratiquant la subrogation, je recevais tous les mois (mars, avril et mai) la presque totalité de mon salaire. Or, ce mois çi je n'ai reçu que la moitié qui correspond au versement de l'assurance maladie à l'employeur. Celui-ci ne doit il pas continuer à me verser l'autre moitié de mon salaire?
Merci pour votre réponse