Trop perçu sur salaire fonctionnaire

Bonjour,
je suis depuis 1/1/11 en cdi à la direction finances publiques de lyon. on me reclame une somme que j'aurais trop perçue au titre : "regularisation domicile-travail année 2010" (en CDD cette année-là). pour me faire rembourser moitié de mes frais SNCF, j'ai fournit les justificatifs et on m'a reversé la moitié comme la loi le prévoit
je ne comprend pas pourquoi ce trop perçu à ce titre???
quelqu'un pourait - il me renseigner ?? merci