Une donation en nue propriété entre-t-elle dans les131 865 € autorisés

"... je leur donne uniquement la nue propriété en gardant pour moi l’usufruit, est-ce que cela est considéré comme une donation... "
Oui, il s'agit bien d'une donation.

"... au même titre qu'une donation manuelle ?"
Un don manuel est une donation non constatée par un acte notarié (donc hors immobilier).

"... et si oui je pourrai donc appliquer sur le prix de l'appartement l'abattement de 131 865 € par enfant en exonération de droit ? "
Non. L'abattement pour une donation d'immobilier est de 100 000 €.
Les 31 865 € sont réservés aux dons familiaux de sommes d'argent (dons répondant à certaines conditions).

Info :
Si vous créez une sci, personne morale, c'est elle qui achètera le(s) bien(s) immobilier(s).
Les associés détenant des parts dans cette sci.