Paiement de la clause pénale

Bonjour,

Je loue en collocation un appartement dont le bail a prit effet le 15 Aout 2013.
mon colocataire paie souvent le loyer en retard car il travaille à son compte et ses rentrées d'argents arrivent aléatoirement.
L'agence nous facture 14,50 € de gestion de la clause pénale pour chaque loyer payé en retard.
Une connaissance m'a dit que cela était illégal et que nous sommes en droit de réclamer le remboursement de ces frais jusqu'à 3 ans en arrière. Est-ce vrai ?
Si oui sur quel texte de loi pouvons-nous nous appuyer afin de leur adresser un courrier ?

Dans le bail, il est écrit dans la partie "retard de paiement des loyers e des charges à leur échéance" : " Régler au bailleur à titre de clause pénale visée par les articles 1152, 1226 et suivants du code civil :
- si le bailleur a adressé au preneur un rappel par lettre simple, une indemnité égale à vingt fois le coût de l'affranchissement postal
- si le bailleur a adressé au preneur un rappel par lettre recommandé, une indemnité égale cinq fois le coût de l'affranchissement postal"

et un peu plus loin dans le bail : " si le 5 du mois les loyers ne sont pas réglés, les preneurs recevront un rappel qui leur sera facturé selon le tarif affiché en nos bureaux
A défaut de règlement il sera perçu 10% du montant global des impayés à titre de clause pénale sans qu'il soit besoin de mise en demeure ou de poursuites par voie d'huissier de justice"

Merci d'avance pour votre aide