Trimestre retraite non validé

Bonjour,
j'ai démarré une thèse en tant qu'allocataire de recherche le 1er octobre 2000 (contrat à l'appui). Mes 3 premiers mois de travail ne m'ont été payés, par le rectorat dont je dépendais, qu'en janvier 2001, sans raison connue ni mentionnée sur mon contrat. Ce retard de paiement a pour conséquence qu'il m'est refusé de valider ce trimestre travaillé en 2000. Suite à une réclamation auprès de la Commission de Recours Amiable, il m'est précisé que "la date d'exigibilité des cotisations afférentes à une paye est déterminée par la date à laquelle cette paye a été effectuée, sans tenir compte de l'époque à laquelle a été accompli le travail qu'elle rémunère." Pour autant, j'ai un document sur lequel sont données les assiettes de cotisations à la SS et à l'IRCANTEC sur la période 01/10/2000-31/12/2000.
Dans ce courrier du CRA, il est également mentionné "règles fixées par le code de sécurité sociale", mais aucun texte de loi précis n'est donné.
Bref, mon employeur m'a payée en retard, ce que j'ai dû gérer à l'époque, et je me retrouve maintenant pénalisée pour ma retraite, double peine. Est-ce normal? Si non, que puis-je faire?
Je vous remercie sincèrement pour vos conseils,
Cordialement,
Carole