Arret de travail Que dois je faire

Bonjour,
Merci a ceux qui répondrons a cette question,
Je vous explique mon "gros" probleme,
je travail en boulangerie salon de thé depuis aout 2014 , l'an dernier a la plage je m'etais planté une grosse épine dans le pied malheureusement comme j'etais en pleine saison je ne suis pas aller consulter et je n'ai pas reussi a l'enlevé du coup je marchais très mal , je me suis faite opéré au mois d'octobre 2015 une opération bénignequi devait me donné 10 jours d'arret a mon travail cela se passait mal du coup j'avais prévenu ma patronne que des mon retour je donnerai ma demission (pour que je puisse retravaillé de suite apres) malheureusement l'operation a mal tourné , infection nosocomiale, algodystrophie, nerf sciatique touché.....enfin bon gros gros probleme médical,du coup je suis toujours en arrêt maladie (prolongation tous les mois).
LE final est que ma hanche est en train de se fracturé et que je risque d'avoir une prothese assez rapidement biensur le travail en restauration sera definitivement fini pour moi .
Je vois mon chirurgien dmain et je vais lui demandé se que je dois faire pour avoir un certificat d'inaptitude pour la medecine du travail.
Par contre mon employeur me versait les 6 premiers moi un "salaire" en plus de mes indemnités journalières et depuis je ne touche plus rien je recoit des fiches de payes négatives pour le paiement de ma mutuelle et j'aimerai savoir si cela est normal .
Ensuite je ne sais pas si je dois donné ma démission car financierement cela est difficile mais j'ai bien peur de perdre mon chomage meme si je demissionne pour des raison de santé.
Merci de votre aide