Reccupération de salaire

Bonjour,
J'ai été en arret de travail du 23 avril au 09 juin 2010. La societe dans laquelle je travail à pour habitude de verser le salaire en fin de mois et de se faire payer par la sécurité sociale.
J'ai donc reçu mon bulletin de paie du mois d'avril sansaucune déduction ( je gagne environ 1500€).
Mon arret à donc débuté le 23 avril et reconduit de semaines en semaines. J'ai pris soins d'envoyer mes prolongations accompagnées de l'attestation d'indemnité signé, pour que mon employeur puisse les envoyer au fur et à mesure à la sécu.
Le 4 juin je recois un courrier de mon employeur m'informant qu'elle n'accepté pas de prendre en charge mon arret maladie. A ce courrier elle à joint, mon bulletin de salaire d'avril rectifié ( deduction maladie du 23 au 30 avril) mon bulletin de paie de mai avec un net à payer négatif puisqu'elle reccupère la semaine d'avril payé. Elle reccupere en notant accompte, a t-elle le droit? de plus a t-elle le droit de me prevenir debut juin alors que j'attendai mon salaire? Ce qui me mets dans une situation financière catastrophique.
A t-elle le droit de ne pas prendre en charge mon arret maladie alors qu'elle prend en charge celui de mes collègue.
Dans mon contratd e travail il est bien noté que je bénéficie du même droit que les autres salariés.D'avance merci de votre réponse