Annulation de permis et exécution de peine

Bonjour,

Mon père a été arrêté en avril 2015 pour conduite en état d'ivresse. Il a été jugé en juin 2015. On lui a retiré son permis et il a eu une annulation de deux mois, ainsi que six points en moins. N'ayant déjà plus que six points, il doit donc repasser son code (pas la conduite) pour récupérer son permis.
Lorsque la gendarmerie l'a arrêté, ils lui ont remis un papier expliquant qu'il pourrait venir récupérer son permis en juin 2015. Mais puisqu'il savait qu'il ne lui restait plus de points, il n'a pas été le chercher. Cela fait donc six mois qu'il ne peut plus conduire. Il s'est réinscrit au code, a passé toutes ses visites médicales.
Seulement, pour repasser son code, il a besoin de la Référence 7, un papier qui doit lui être délivré par le tribunal qui l'a jugé. Il a appelé plusieurs fois le tribunal et a envoyé un courrier en recommandé afin de l'obtenir au plus vite mais rien n'y fait et ça fait plusieurs mois que ça dure. Il le récupérera finalement demain, en allant à la gendarmerie. Au téléphone, on vient de lui expliquer que sa peine n'a toujours pas commencé, c'est-à-dire que son permis ne sera annulé qu'à partir de demain et que donc il ne pourra repasser son code qu'au mois de janvier 2016.
Voilà donc ma question : pourquoi la peine est-elle exécutée si tard, alors que mon père n'a plus le droit de conduire depuis déjà six mois ? Et pourquoi la gendarmerie a-t-elle gardé son permis pendant deux mois si la peine n'avait pas encore été exécutée ?
Nous avons tenté d'obtenir des explications mais à chaque appel ou déplacement, on nous dit que la personne qui s'occupe de son dossier est absente, occupée ou que sais-je encore et nous n'arrivons pas à comprendre ce qui se passe, puisque personne ne veut nous l'expliquer de manière claire. J'espère donc trouver un début de réponse ici, merci de votre attention.