Litige avec mon employeur trop perçu suite à un arrêt maladie

Bonjour,

Je suis en arrêt maladie depuis 3 mois, je percevais de l'assurance maladie des IJ mais en même temps l'intégralité de mon salaire de mon employeur.
Selon certaines conventions, il est dis que l'employeur pouvait maintenir le versement du salaire en complément des IJ.
J'ai tout de même averti l'Assurance Maladie qui a averti L'employeur qui n'a pas fait de subrogation.
Aujourd'hui L'Assurance maladie m'a fais savoir que je devais rembourser le dernier salaire versé a mon employeur.
Est il dans ses droits sachant que la subrogation n'a pas été faite dans les temps c'etait à mon employeur de faire la demarche aupres de l'assurance maladie non?