Paiement de loyer avant paiement APL

Bonjour, j'ai déménagé il y à deux mois étant déjà titulaire de l' APL en changeans de domicile le bailleur nous à demandé de refaire un dossier auprès de le caf ce qui à donné pour effet un retard dans le paiement. à terme échus au mois de janviers nous avons payé le loyer entier puis ont c'est rendu compte en consultant notre compte qu'un virement va être effectué le 26 Janvier pour le mois de décembre et janvier. va t'il y avoir une régularisation en notre faveur ou le non paiement du loyer le mois suivant, car j'ai dû demandé à mon banquié de laisser passé le prélèvement et déjà largement dans le rouge. merci